Il percorso museale è stato concepito in modo da coinvolgere attivamente il visitatore senza rinunciare ad una esposizione scientifica e didattica. Nel progettare l'allestimento è stata sviluppata un'idea di museo lontana da quella che lo considera luogo di mera raccolta di cimeli, ma che più si avvicina a quella di attivo centro di comunicazione culturale, in continua evoluzione, a contatto con il fruitore, in cui la didattica assume un ruolo emergente. Questi criteri sono stati anche adottati per un allestimento significativo, concepito appositamente al fine di attirare l'attenzione su particolari che altrimenti presentati risulterebbero muti: due le scene riprodotte in modo fedele e puntuale con scala 1:1 ambientate entrambe nel XIII secolo all'interno di un ideale castello friulano.
In un'area appositamente attrezzata dell'edificio si possono svolgere attività didattiche come coniare la moneta medievale, cioè replicare un denaro patriarcale d'argento rinvenuto in uno dei castelli della zona, comporre una sezione stratigrafica archeologica, toccare forme ceramiche e capire le tecniche di realizzazione dei manufatti ceramici. Per le scolaresche è stato predisposto un apposito Quaderno didattico reperibile presso lo shop del museo.